Opitz C and FOXP1 syndromes on the air

On May 17th of 2018 our team was invited to speak about FOXP1 syndrome and the article published by our group at Gestiona Radio, on the “Rare Diseases” program. ‘Rare Diseases’ is a weekly program presented and directed by Antonio G. Armas. The aims are to inform and raise awareness about rare diseases, pathologies that together affect about 3 million Spaniards.

You can access to the podcast of the program (in Spanish) here:

Gestiona radio

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Urreizti et al. Sci Rep. 2018 Jan 12;8(1):694. doi: 10.1038/s41598-017-19109-9.

For non-Spanish speakers we share a resume of the interview.

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Un Benelux poco frecuente

Mural encabezado
Mural de Milo Lockett sobre las Enfermedades Raras

Treinta millones de europeos sufren alguna de las 7000 enfermedades raras conocidas. Hacerlos visibles es el principal propósito de su Día Mundial celebrado el 28 de febrero.

“Usted tiene …” 5 años de media tardan los pacientes con enfermedades raras en escuchar estas palabras. A esto se le une la dificultad de afrontar una enfermedad que, en la mayoría de los casos, es crónica y degenerativa, así como la lucha diaria para que se le dé importancia a su vida. Se estima que existen entre 7000 y 8000 enfermedades raras distintas, cuyo único denominador común es su baja prevalencia. Una enfermedad es rara, minoritaria o poco frecuente cuando la padecen como mucho 1 de cada 2000 habitantes, según los criterios de la Unión Europea.  Dentro de esta denominación encontramos enfermedades bastante conocidas, como la Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA), otras, en cambio, son desconocidas para la mayoría de la población e incluso para el personal sanitario, tal es el caso del síndrome de Opitz C, con 30 casos diagnosticados en toda Europa. Alzar la voz en estos casos es muy complicado. Por eso, las asociaciones, centros de investigación y hospitales no desperdician el altavoz que les brinda el Día Mundial de las Enfermedades Raras para reverberar en los medios de comunicación y crear conciencia de la dejadez administrativa a la que se enfrentan. Son más de 30 millones de europeos los afectados por estas enfermedades, el equivalente al conjunto de la población de los Países Bajos, Bélgica y Luxemburgo juntos. Un Benelux poco frecuente que lucha porque se le tenga en cuenta. Por Empar Vengut Climent/K-U-C

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Comer no es solo alimentarse.

Hoy he podido estar en el simposio Enfermedades raras y big data: de la investigación a la práctica clínica organizado por CIBERER, Bioinformatics Barcelona y La Fundación Ramón Areces y con el soporte de la Obra Social “La Caixa”.  Hay que decir que es un lujo poder asistir a un simposio de esta calidad y sin coste alguno, así que felicidades a los organizadores y patrocinadores que lo han hecho posible.

En este post no pretendo hacer un resumen del simposio ya que todas las charlas han sido estupendas y es mucho lo que han aportado a la audiencia. Hoy quiero destacar una charla en particular por atípica. Cuando vi el programa del congreso me sorprendió la última charla del día de hoy y moderada por la Dra. Eugenia Resmini:

18.00 h Comer no es solo alimentarse (Eating is not just feeding).
Jordi Bordas
Escuela de pastelería Jordi Bordas, Viladecans.
Barcelona.

Un pastelero? En un simposio sobre Big Data y enfermedades raras? La verdad es que dado que voy muy apurada de tiempo mi primera reacción fue no quedarme a oírle. Pero se me ocurrió comentarlo con mi amigo y magnifico cocinero Tomás Rodriguez. Y su respuesta fue algo así como: tu te quedas! A oír a Jordi Bordas? Te quedas y me lo cuentas! Así que si lo dice el cocinero, una se queda. Y que agradecida le estoy! Gracias Tomás!

La Dra. Resmini tuvo una idea brillante que compartió con Jordi Bordas y que prendió en forma de proyecto: diseñar postres especiales para pacientes de enfermedades raras.

Cuando vives con una enfermedad grave, severa, que amenaza tu vida, quedarte sin postre puede parecer trivial. Pero para los pacientes y sus familias es un recordatorio constante, una privación continua. ¿Y a quien no le anima un buen “dulce” en los momentos más aciagos? Muchas familias han hecho esta renuncia, que parece pequeña, pero que es otra más de las muchas que van a hacer.

Gracias a la idea de la Dra. Resmini, el convencimiento de esta investigadora de que “comer no es solo alimentarse” y a la voluntad innovadora de Jordi y su equipo y contando con el asesoramiento médico adecuado, lo que era una semilla de pensamiento germinó en dos postres magníficos para dos pacientes de enfermedades raras (una niña  afectada de tirosinémia tipo 1 y una mujer con Síndrome de Cushing). Dos postres diseñados específicamente para ellas, teniendo en cuenta sus muchas y complicadas restricciones alimentarias además de sus gustos personales. Y hoy hemos tenido el privilegio de probarlos. Y he de asegurar que estaban increíbles. Mi pensamiento es el de que no es un postre para un enfermo, es un postre para una persona. Para compartir con cualquiera y disfrutarlo. En familia, con amigos, en una fiesta de cumpleaños o para celebrar las pequeñas y grandes alegrías de la vida. Un capricho exquisito para dos personas que no pueden permitirse muchos.WhatsApp Image 2017-10-26 at 18.31.39.jpeg

Foto por Laura Castilla Vallmanya, estudiante de Doctorado en Genética (UB)

Espero sinceramente que este tandem tan curioso de Médico y Pastelero encuentren la forma de darle alas a este proyecto porque estoy convencida de que son muchos los que disfrutarían de estos deliciosos caprichos científicos! Y de nuevo gracias a Eugenia y a Jordi por esta tan grata sorpresa!

PS: En cuanto cuelguen el vídeo del proyecto en las redes os lo añado y lo comparto!

ELABORANDO UN ÁRBOL GENEALÓGICO O PEDIGRÍ

Para un genetista, los antecedentes familiares de un paciente son esenciales a la hora de identificar el posible patrón de herencia de una patología. Es por ello que es común que, al inicial una consulta genética, lo primero que se realice sea el árbol genealógico (o pedigrí) del paciente, remontándose 2 o 3 generaciones. Hoy en día es fácil participar en estudios genéticos en colaboración con grupos de investigación que están en la otra punta del globo y por lo que no es posible que el especialista guíe a la familia en la confección de este pedigrí y por lo tanto al familia tendrá que confeccionar el árbol sin esta asistencia personal que siempre es útil.

Hay numerosos vídeos y tutoriales en lengua inglesa que explican las nociones básicas de la confección del pedigrí. Destacaría este:

https://vimeo.com/88074882

Pero en español no encuentro ninguno que me resulte útil para guiar a los pacientes participantes en nuestros estudios por lo que he decidido confeccionar un pequeño tutorial básico que espero que os resulte útil y claro (En Wikipedia hay abundante información que puede ser de utilidad también). Si hay dudas por favor dejadlas en los comentarios que las intentaré ir aclarando.

Vamos a empezar con los símbolos básicos. Usaremos cuadrados para representar a los varones y círculos para las mujeres. Si desconocemos el sexo de uno de los miembros, usamos el rombo.

Fig1

Lo más sencillo es empezar  por el paciente o caso índice. Cuando un individuo está afectado por una patología o un carácter de interés, coloreamos su símbolo así:

Fig2

Dibujaremos al paciente y a sus hermanos y trazaremos una línea que los incluye. Como ejemplo, vamos a trazar el pedigrí de una familia ficticia, en la que hay dos hijos diagnosticados con el Síndrome de Opitz C (un niño y una niña) y un hermano sano. Tendremos en cuenta el orden de nacimiento y los ordenaremos de izquierda a derecha (de mayor a menor):

Fig3

Las líneas horizontales representan relaciones y las verticales, descendencia:

Fig4

Ahora añadiremos a los padres de estos niños mediante una línea ascendente y una horizontal de relación. Cuando dos individuos están unidos DIRECTAMENTE por una línea horizontal implica  relación matrimonial o de pareja:

Fig5

En este punto he de hacer una aclaración. A los genetistas no nos interesa el grado de relación sentimental entre una pareja, sólo la relación biológica. Quiénes son los padres biológicos de los niños. Nada más.

Si en esta relación de pareja existe un parentesco conocido (consanguinidad) entre ambos progenitores (que sean primos segundos o que compartan un bisabuelo, por ejemplo) lo indicamos con una doble raya entre la pareja:

Fig6

Vamos a ir viendo un ejemplo para ir viendo los distintos tipos de símbolos y como ir añadiendo generaciones y parentescos.

Vamos a añadir una generación más añadiendo a las dos parejas de abuelos (paternos y maternos):

Fig7

He indicado las edades de los niños.  Cuando las familias se complican a veces mantener el orden correcto entre hermanos se complica por motivos de organización (provocaría que las líneas se cruzaran o que el árbol fuera poco claro) y se opta por indicar la edad o fecha de nacimiento (si es relevante) y ponerlos en un orden más práctico desde un punto de vista visual.

Ahora podemos añadir a los hermanos de la madre y del padre (tíos de los pacientes):

Fig8

Bien, ya tenemos a los tíos y tías. Y tenemos un símbolo nuevo. El padre de los pacientes tiene una hermana gemela. En este caso la línea entre hermanos es inclinada:

Fig9

Si sabemos si son mono o dicigóticos podemos indicarlo. Si no, usamos el símbolo de dicigóticos por defecto.

Si fuese de algún modo relevante para el estudio, por ejemplo, porque haya algún otro miembro con una patología severa, podríamos incluir los matrimonios de los tíos y tías y sus hijos. Vamos a complicar la familia (porque las familias suelen ser complicadas). Para no perdernos he añadido números en la segunda generación (la de los padres y tíos/tías) y vamos a ver distintas formas de representar a las familias:

Fig10

La hermana gemela del padre (número 1) ha tenido 3 hijos. Dado que no es relevante, lo mantenemos condensado, con un rombo indicamos que, o no sabemos o no es importante, si eran niños o niñas. Y hemos prescindido de indicar al padre o padres de estos hijos. La finalidad es la de simplificar el árbol ya que esta rama, de momento, no parece que haya otros casos clínicos.

La hermana de la madre (número 4) se casó y divorció sin hijos (lo indicamos tachando al relación), y ahora está embarazada de una segunda pareja (el rombo ya que no sabe si es niño o niña, y la P quiere decir que es un hijo aun no nato, por el inglés, pregnancy).

Ahora nos centramos en la familia del tío materno (individuo número 5).

Fig11

 En esta familia primero hubo un aborto de sexo desconocido.

Tal como se indica en la Wikipedia, si es relevante podemos indicar la información de la que disponemos mediante estos símbolos:

Fig12

Luego nació un hijo vivo, varón, afectado por “retraso mental sindrómico no especificado”. Dado que no estamos seguros de que se trate de la misma patología que en los pacientes que nos ocupan pero ambas patologías comparten síntomas, lo identificaremos con otro color o con un sombreado distinto y lo indicaremos de algún modo en la leyenda del pedigrí para que esta información llegue al especialista y pueda tenerlo en consideración en el análisis de riesgo. Finalmente este matrimonio adoptó una niña (se indica que es un individuo adoptado mediante corchetes).

Respecto a cómo dibujar el pedigrí, la primera opción y más sencilla es el papel y el lápiz. On line hay múltiples herramientas para hacerlo, cada una con sus ventajas e inconvenientes. La mejor es al que a cada uno le resulte más sencilla de usar. Os dejo dos sugerencias de aplicaciones gratuitas:

Invitae: https://familyhistory.invitae.com

Pedigree Draw: http://www.pedigreedraw.com/

 

 

 

 

 

 

NEW SEQUENCING CAMPAIGN FOR OTCS AND BOS

Dear Families,

I’m Dr. Roser Urreizti, a member of a research team from the Genetics Department at University of Barcelona led by Prof. Grinberg and Dr. Balcells. Since 2011 we have been investigating the genetic cause of OTCS and BOS Syndromes, in collaboration with Prof. J. Opitz and Prof. G. Neri.

We have recruited a cohort of 17 patients and relatives diagnosed as BOS or OTCS. As you know, the diagnosis is often unclear. We have used Next Generation Sequencing to analyse the exome of some Opitz C patients and relatives. We have also analysed the ASXL1 gene in all our OTCS and BOS patients.

So far, we have obtained the exome sequences of 6 patients and we have been able to find the gene responsible for the disease in 3 of them.

WE ARE PLANNING TO START A NEW SEQUENCING CAMPAIGN SOON (October-November 2015).

If any family with a member diagnosed as OTCS or BOS (without ASXL1 confirmed mutations) would like to get involved, we encourage you to join this research project. If you are interested and would like to receive more information, please, don’t hesitate to contact us at: urreizti(at)ub.edu

Foto: roseruf (c)

You can know more obout us in this blog!

INFORMATION UPDATE ON THE RESEARCH OF THE OPITZ C GENE

FEBRUARY 2015

We are geneticists at Universitat de Barcelona in Barcelona, Spain. Five years ago, we met Mr Carles Godall, president of the Opitz C Syndrome Association at a human genetics course that we offered to the general public. He explained to us that he had a girl affected with Opitz C trigonocephaly and asked us whether we would be willing to investigate into the genetic cause of this disease.

After giving it some thought, and because we empathized with him, we decided to embark into Carles’ proposed research and he helped us contact Drs John Opitz and Giovanni Neri, with whom we established a collaboration to share expertises and samples of several patients affected with Opitz C (OTCS) or Bohring Opitz syndrome (BOS).

Until now, we have used Next Generation Sequencing to analyze the exome of some Opitz C patients and relatives, in the search for the gene or genes responsible for Opitz C Syndrome. We have recruited a cohort of 14 patients and relatives (as relatives are very important to assess inheritance and/or to look for de novo mutations).

We have obtained whole-exome sequences (WES) of 4 family groups (comprising affected children and their parents). We are analyzing these WES in search for mutations that may be the cause of the disease. We use the DNA samples of the other patients to manually sequence the candidate genes (such as ASXL1 and CD96, as well as those genes with the mutations we discover in the WES experiment).

 So far, we were able to rule out CD96 mutations in all the samples tested. Regarding ASXL1, we did fin one mutation in one patient who, in fact, was diagnosed as having a Bohring-Optiz syndrome.

Our analyses take time and we plan to spend the next 6 months to complete them. Thanks to the new funding, we plan to start a new round of whole-exome sequencing next September, if necessary.

If any family would like to get involved in this research, we would be happy to get DNA samples from the patient and his/her parents, together with a filled clinical questionnaire about the patient’s symptomatology. Samples received before September will be used for manual sequencing (as explained above). After September, we may include these new samples in the new batch of WES, if appropriate.

 If you have a family member affected by Opitz C syndrome and wants to participate in this study, you could contact us by mail (see below) or through this web contact service.

Dr. Roser Urreizti: urreizti(at)ub.edu

Dr. Susana Balcells: sbalcells(at)ub.edu

Dr. Daniel Grinberg: dgrinberg(at)ub.edu

Best wishes,

The HMG group (UB)

GRACIAS. DE TODO CORAZÓN.

Os suena lo de los recortes, ¿verdad? Bueno, pues en ciencia han sido de órdago. En un país que tenía ya una inversión en investigación paupérrima nos hemos quedado en pañales. ¿Y es que no estamos para lujos? Bueno, sinceramente, nunca he pensado que la ciencia sea un lujo pero eso ya va a criterios (o a tener criterio, vamos).

IMGP5124Foto: roseruf (c)

Así que uno de los proyectos en los que estamos trabajando, el de la búsqueda del gen responsable del Síndrome de Opitz C, se queda sin fondos. Y nos duele más que con otros. Porque es un proyecto con una parte muy humana. Porque es un proyecto que si no lo hacemos nosotros, no parece que lo vaya a hacer nadie más. Porque estas familias se quedan sin esperanzas.

Ya empezó a trompicones, pagado por las propias familias, con un poco de ayuda de estos y aquellos… y muchos malabares económicos por nuestra parte. Impulsado más por buena disposición que por sueldos y fondos. Pero no nos metimos a científicos para ser ricos, sino porque nos gusta. Y hemos ido avanzando. Hasta ahora. Miras “la saca” y dices: no queda. Y te desesperas.

En ese momento, este gobierno nuestro (lo voy a dejar aquí) decide que en lugar de financiar la ciencia (lo dejo aquí también, porque si no, me pierdo en improperios), va a montar una plataforma de micromecenazgo. A ver, no me entiendan mal. Si no fuera por los recortes, si fuera a más a más, me parecería estupendo, pero es “en lugar de” y no “además de”. Pero en fin, ahí estamos, con nuestro proyecto seleccionado para el primer lote de crowdfunding científico en un país sin tradición de mecenazgo. Pero aprovechamos la oportunidad que para eso estamos.

Esto del micromecenazgo o crowdfunding es muy nuevo en nuestro país, así que nosotros prácticamente no sabíamos ni de que iba. Explicado en corto, se establece una recaudación óptima que te permitirá realizar unos objetivos científicos reales y significativos. Y se establece un mínimo. La idea es que sin llegar a ese mínimo el proyecto no es viable en ninguna de sus fases, y por lo tanto el dinero se devuelve a los donantes. Sí señor, se devuelve. En nuestro caso necesitábamos 25.000€ para poder avanzar realmente en nuestro proyecto, pero 12.000€ nos permitirían realizar la primera fase del proyecto, luego, ya se verá. Ah, y tienes 90 días para lograr estos objetivos.

Como funciona todo en este país nadie te explica muy bien que se espera que hagas tú con todo esto. Van pasando los días y a penas hay 400€ recaudados. Lo pasas por mail a todos tus contactos, watsapp, facebook… y logras llegar a 1500€. Las notas de prensa de los organismos oficiales implicados son paupérrimos y a penas se notan (Suerte del CIBERER, que sí se movió). Te llaman de la propia plataforma:  es que debéis hacer difusión vosotros ya que vuestra institución no lo está haciendo… Ah. Bueno es saberlo. Es que no tenemos ni twitter… ¿No hay una cosa que se llama Community Manager para eso? ¿No debería formar parte de la propia plataforma? En fin.

Y te arremangas. Porque para eso estamos. Y Carles, el padre de la niña enferma, sacando un tiempo que no tiene y una energía que nos deja a todos maravillados, empieza a tirar de un carro que poco a poco avanza. Y nos ponemos a su lado a tirar del carro. Artículos en revistas de difusión, notas de prensa, descubrir que es eso de Twitter y como funciona, llamadas a mil empresas, eventos de difusión… y el día 15 de diciembre, a falta de 3 semanas para finalizar el plazo, estamos a 5000€. Pero como Carles no pierde la esperanza, nosotros tampoco. No lo vamos a dejar solo, ¡faltaría más!. Hace pulseras con el logo de la asociación para vender y las chicas del lab se vuelcan a ello. Y consigue que la Caixa de Pensions nos de 5.000€… y a medida que se acercan las Navidades llegamos justito, justito, al mínimo. Salvados! Al menos no perdemos el trabajo hecho. Y entonces llega nuestro milagro navideño.

Durante las Navidades el proyecto llega a la radio (Rac1) y a la agencia de noticias EFE y con ello a todos los periódicos. Pequeñas notas, pero significativas. Y ahora que la gente lo ve, los donativos crecen. Y no solo logramos el mínimo. Superamos el objetivo óptimo.

El plazo se cerró el día de Reyes, y ver que lo habíamos logrado fue nuestro regalo. No solo un regalo a nivel económico. Ahora tenemos los fondos para continuar con este proyecto y seguir dando esperanzas a estas familias. Fue un gran regalo también a nivel humano. Una lección de vida.

Hemos reunido más de 30.000€ que en su inmensa mayoría proceden del bolsillo del ciudadano de a pie. Del mismo que se supone que no se implica por nada y que en esas fechas sufre un ataque consumista que lo lleva  comprar corbatas y colonias compulsivamente. Pues nuestra experiencia ha sido muy distinta. No solo nuestro proyecto a alcanzado su objetivo, otros 3 lo lograron también. En este conjunto de proyectos (eran 6, creo recordar) se recaudaron más de 127.000€ en donativos. En un país con un porcentaje de desempleo récord, con la crisis que nos ahoga, con un gobierno que da el peor de los ejemplos, la gente se ha volcado en ayudar a unos pocos para que puedan ayudar a muchos.

Y nos han emocionado.

He tardado en escribir este post porque me cuesta encontrar las palabras adecuadas para dar las gracias. Porque todas estas personas que dentro de sus posibilidades han ayudado, tanto con los donativos que lo han hecho posible como difundiendo, vendiendo pulseras, dedicando un rato a escribir un artículo… que ha sido crucial en esta carrera contrarreloj, se merecen un GRACIAS enorme. Se merecen un aplauso. Que les hagamos la ola.

Así que, de parte del equipo investigador, de parte de las familias que han visto esta respuesta y les ha calentado el corazón, de parte de la que escribe, que aún sigue emocionada:

GRACIAS.

De todo corazón.

Foto: roseruf (c)Foto: Roser (c)